Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Cour I
A-2512/2008
{T 0/2}

Arrêt du 8 septembre 2010

Composition
Pascal Mollard (président du collège), Michael Beusch, Lorenz Kneubühler, juges,
Marie-Chantal May Canellas, greffière.

Parties
X._______, ***,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA); période du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999; administration spéciale de la faillite; correction d'un impôt facturé; prescription.

Faits :

A.
X._______ est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (AFC) en qualité d'assujettie à la TVA depuis le 1er janvier 1995. Entre 1995 et 1999, elle a été nommée en qualité d'administratrice spéciale de certaines faillites. Elle a facturé la TVA correspondante aux sociétés faillies concernées et l'a déclarée dans ses décomptes d'impôt. A la suite d'une demande formulée le 20 août 1999, l'AFC lui a indiqué, le 24 septembre 1999, que l'activité en question relevait de la puissance publique et n'était pas soumise à l'impôt. A partir de 2002, l'assujettie a adressé des avis de crédit aux sociétés faillies, pour corriger la TVA facturée par erreur, émis à leur attention de nouvelles factures sans TVA et a corrigé, à due concurrence, l'impôt déclaré dans les décomptes TVA de la période durant laquelle la correction est intervenue.

Les 9 novembre et 7 décembre 2006, l'AFC a effectué un contrôle auprès de l'assujettie portant sur les périodes fiscales de janvier 2001 à juin 2006, à l'issue duquel elle a (notamment) émis le décompte complémentaire n° ***, portant sur un montant de Fr. 120'642.-, plus intérêt moratoire. L'AFC a fondé cette reprise sur le fait qu'une correction de la TVA n'était plus possible, une fois que la prescription de cinq ans dès l'émission de la facture était acquise et/ou que les sociétés destinataires des factures étaient radiées du registre du commerce.

B.
Le 12 février 2007, X._______ a manifesté son désaccord, fondé sur les motifs suivants. Elle devait être protégée dans la bonne foi qu'elle avait accordée aux renseignements de l'autorité. Au surplus, quant à la correction des factures, les honoraires facturés ne pouvaient être fixés ni, partant, prescrits avant l'approbation de l'autorité de surveillance et une correction de la facturation pouvait parfaitement intervenir après la clôture de la faillite. Le 3 avril 2007, l'AFC a écarté les arguments de l'assujettie et confirmé la reprise, sous déduction d'un montant de Fr. 4'346.-, relatif à une correction de facture jugée admissible. Le 31 juillet 2007, X._______ a réitéré ses objections.

C.
Le 15 novembre 2007, l'AFC a rendu une décision formelle confirmant la reprise, telle que corrigée le 3 avril précédent, soit à hauteur de Fr. 116'296.- (Fr. 120'642.- ./. Fr. 4'346.-), plus intérêt moratoire. Le 17 décembre 2007, l'assujettie a formé réclamation. Le 27 février 2008, elle a fait parvenir à l'AFC les documents requis par celle-ci. Par décision sur réclamation du 5 mars 2008, l'AFC a donné tort à l'assujettie.

D.
Le 18 avril 2008, X._______ a formé recours devant le Tribunal administratif fédéral contre ce prononcé. Elle a renoncé à contester les reprises relatives aux notes d'honoraires antérieures de 5 ans aux notes de crédit litigieuses. Elle a en revanche maintenu sa position en ce qui concerne les reprises qui n'étaient pas atteintes par la prescription. L'autorité inférieure s'est prononcée sur le recours le 16 juin 2008, concluant à son rejet.

Les autres faits déterminants seront évoqués en tant que besoin dans les considérants en droit.
Droit :

1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). En l'occurrence, la décision entreprise, datée du 5 mars 2008, a fait l'objet d'un recours déposé le 18 avril suivant, devant le Tribunal de céans. Compte tenu des féries de Pâques (art. 22a PA), il est intervenu dans le délai légal.
1.2
1.2.1 Le litige porte, en substance, sur le point de savoir si la recourante est débitrice envers l'AFC d'un certain montant de TVA qu'elle a facturé à tort, compte tenu du fait qu'elle prétend avoir corrigé ultérieurement lesdites factures. Il s'avère en effet qu'entre 1995 et 1999, la recourante a adressé à des sociétés qui se trouvaient en liquidation par suite de faillite des demandes d'acomptes relatives à des prestations d'administration spéciale de la faillite dont elle était chargée. Ces demandes d'acomptes englobaient la TVA. Depuis 2001, la recourante a corrigé cette facturation erronée au moyen de notes de crédit et de nouvelles factures (hors TVA), qu'elle a adressées auxdites sociétés, alors même que celles-ci avaient déjà été radiées du registre du commerce.
1.2.2 Sur la base de ces éléments, il apparaît que certains points ne sont pas, ou plus, litigieux à ce stade de la procédure. Ainsi, il est clair et incontesté par les parties que les prestations d'administration spéciale de la faillite dont il est question ne sont pas soumises à la TVA, de sorte que les demandes d'acompte dont il s'agit n'auraient pas dû mentionner l'impôt (cf. décision attaquée, p. 4 ch. 1; cf. également : ATF 125 II 480 consid. 6 et 7; arrêt du Tribunal fédéral 2A.455/1998 du 5 octobre 1999; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] 2003-143 du 4 novembre 2005 in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 70.40 consid. 5a/aa). La recourante, par ailleurs, a renoncé à contester la reprise d'impôt, dans la mesure où celle-ci était fondée sur l'argument selon lequel aucune correction des factures n'était plus possible, dès le moment où la prescription de cinq ans était intervenue (cf. recours, ch. II p. 2 s.). Le litige ne concerne dès lors plus que la TVA grevant les demandes d'acomptes suivantes, lesquelles ont été corrigées par des notes de crédit, respectivement de nouvelles factures :

Faillite Y._______ SA
Sur huit demandes d'acomptes totalisant Fr. 420'056.80, dont Fr. 23'661.80 de TVA :
Demandes d'acomptes : Corrections via :
N° Date Honoraires TVA reprise Notes de crédit (2)
1) 2 avril 1998 Fr. 100'000.- Fr. 6'500.- du 26 novembre 2002
2) 6 août 1998 Fr. 70'000.- Fr. 4'550.- 1) Fr. 381'395/ Fr. 22'536
3) 8 avril 1999 Fr. 15'000.- Fr. 1'125.- 2) Fr.15'000/ Fr. 1'125
Fr.12'175.- et
Nouvelle facture, le 26 novembre 2002, pour Fr. 441'958.27 (sans TVA).

Faillite Z._______SA
Sur treize demandes d'acomptes totalisant Fr. 789'653.70, dont Fr. 44'585.70 de TVA :
Demandes d'acomptes : Corrections via :
N° Date Honoraires TVA reprise Notes de crédit (2)
4) 2 avril 1998 Fr. 80'000.- Fr. 5'200.- du 6 février 2003
5) 6 août 1998 Fr. 70'000.- Fr. 4'550.- 1) Fr. 672'568/ Fr. 39'148
6) 8 avril 1999 Fr. 72'500.- Fr. 5'437.50 2) Fr. 72'500/ Fr. 5'437.50
Fr.15'187.50
Nouvelle facture, le 6 février 2003, pour Fr. 822'879.66 (sans TVA).
1.2.3 Certes, il existe une demande d'acompte supplémentaire, à savoir celle du 14 avril 1997 (totalisant Fr. 50'000.- d'honoraires et Fr. 3'250.- de TVA) établie par la recourante dans le cadre de la faillite Y._______SA, qui ne figure pas dans la liste précitée (laquelle reprend celle dressée par la recourante elle-même dans le cadre de son recours). Il est ainsi possible de se demander si la recourante entend maintenir sa contestation relative à cette demande d'acompte, puisque le droit de procéder à la correction de ce document n'était pas prescrit à la date de la note de crédit correspondante (cf. réponse de l'AFC, let. B/1; pièce annexe au courrier de la recourante à l'AFC du 27 février 2008, sous pièce n° 10 du dossier de l'AFC). La réponse se doit d'être affirmative, malgré l'omission dans la liste dressée par la recourante. Cet oubli ne restreint pas l'objet du litige, à mesure que la recourante a expressément indiqué qu'elle ne contestait plus l'argument lié à la prescription du droit de corriger les demandes d'acomptes, mais renonçait à réduire de manière chiffrée ses conclusions (dans le même sens, cf. réponse de l'AFC du 19 mai 2008 let. B/1).
1.2.4 Il faut donc constater que le litige porte finalement sur un montant de Fr. 30'612.50 de TVA, représentant la somme de l'impôt facturé dans le cadre des six demandes d'acomptes précitées, auxquelles s'ajoute la demande d'acompte du 14 avril 1997. Par voie de conséquence, il y a lieu de constater que la décision attaquée n'est plus litigieuse pour le surplus, à savoir pour la somme de Fr. 85'683.50 de TVA, ainsi que les intérêts moratoires correspondants, courant dès le 1er septembre 2004.

1.3 S'agissant du droit applicable, il y a lieu de soigneusement distinguer le droit de procédure du droit matériel (consid. 1.3.1) et d'en tirer les conclusions qui s'imposent dans le cas concret (consid. 1.3.2).
1.3.1 Sur le plan du droit matériel, il faut considérer qu'il existe trois périodes distinctes. Premièrement, la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquence que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1 LTVA). Deuxièmement, s'agissant des faits et rapports juridiques ayant pris naissance entre le 1er janvier 2001 et le 31 décembre 2009, il y a lieu d'appliquer les dispositions matérielles de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), dès lors qu'elle est entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346). Troisièmement, pour les faits et rapports juridiques remontant aux années 1995 à 2000, il convient de faire application de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258), comme le prévoit l'art. 93 al. 1 aLTVA.

Sur le plan de la procédure, le nouveau droit y relatif s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA). En revanche, il ne doit en aucune manière aboutir à une application anticipée du nouveau droit matériel à des états de faits révolus sous l'ancien droit. Ce principe justifie une interprétation restrictive de cette disposition (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 1.2, A-6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2, et A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). Il convient également de traiter les prescriptions formelles étroitement rattachées au droit matériel de la même manière que celui-ci (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7). L'art. 81 LTVA ne change rien à ce qui précède, étant précisé qu'il ne contient aucune règle de droit transitoire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid.1.2.2, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7 et A-1113/2006 du 23 février 2010 consid. 3.4.3). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre donc pas en ligne de compte, si l'ancien droit matériel demeure applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 1.2.2, A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 1.2 et A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in : Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; PASCAL MOLLARD / XAVIER OBERSON / ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).
1.3.2 In casu, il faut donc distinguer le droit de procédure du droit matériel. Si c'est, effectivement, le nouveau droit de procédure, tel que prévu par la LTVA, qui s'applique indubitablement dans le cas d'espèce, avec les restrictions évoquées plus haut (consid. 1.3.1), il n'en va pas de même du droit matériel. Il faut bien comprendre que les demandes d'acomptes de la recourante, qui mentionnent à tort la TVA, remontent à la période du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999 et qu'elle a déclaré l'impôt corrélatif dans ses décomptes TVA de l'époque. Elles sont dès lors régies par l'OTVA. En revanche, les notes de crédit et les nouvelles factures, censées corriger la TVA facturée par erreur, datent des années 2002 et 2003, période régie par l'aLTVA. Se poserait dès lors la question de savoir si les possibilités de corriger les demandes d'acomptes litigieuses sont soumises à l'OTVA ou à l'aLTVA, étant bien clair que les normes matérielles prévues par la LTVA ne sont pas applicable à cet égard. Selon l'AFC, il ne fait aucun doute que la problématique doit se juger à l'aune des règles de l'OTVA, en vigueur au moment où la facturation et l'imposition par la recourante sont intervenues (cf. décision attaquée, p. 3). Il n'est toutefois pas indispensable de trancher cette question, si le Tribunal de céans parvient à la même conclusion sur la base de l'OTVA comme de l'aLTVA, de sorte qu'il sera procédé ci-après à ce double examen.

1.4 Les développements qui suivent porteront sur le rôle de la facture, dans le cadre de la TVA, en relation avec le principe "TVA facturée, TVA due", ainsi que sur les possibilités de correction éventuelle (consid. 2). Il y aura lieu de voir, ensuite, dans quelle mesure l'art. 45a de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aOLTVA, RO 2000 1347) intervient dans ce contexte (consid. 3). Enfin, c'est à la lumière de ces considérations qu'il sera procédé à l'examen du cas d'espèce (consid. 4).

2.
2.1 Dans le système de la TVA suisse, la facture a une importance particulière. Elle constitue une pièce justificative attestant qu'une opération au sens de la TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture agissant en principe en son propre nom. Il faut y assimiler les demandes d'acomptes qui ne sont rien d'autre que des factures partielles (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1489/2006 du 14 janvier 2008 consid. 2.4 et 3.2). Lorsque la facture mentionne la TVA, elle atteste que l'auteur de la prestation a décompté la TVA (ou va le faire) et elle permet à son destinataire d'obtenir la déduction de l'impôt préalable (cf. ATF 131 II 185 consid. 5; arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 6.7, 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.2,; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2, A-1612/2006 et A-1613/2006 du 9 juillet 2009 consid. 5.2; MOLLARD / OBERSON / TISSOT BENEDETTO, op. cit., p.144 ch. 459). En outre, et suivant la théorie des stades, la facture crée un stade distinct dans la chaîne des opérations TVA, son rôle dépassant donc celui du simple titre (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 6.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2, A-502/2007 du 26 mai 2008 consid. 2.2, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2008 du 13 octobre 2009).

La conséquence est que la TVA facturée, même à tort, est due (principe également dit : "TVA facturée, TVA due"). Un assujetti qui établit une facture mentionnant la TVA doit acquitter celle-ci. En outre, l'assujetti qui facture sa prestation à un taux trop élevé est tenu de la comptabiliser dans son décompte à ce taux (cf. ATF 131 II 185 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.3; NICOLAS Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève 2005, ad art. 37 ch. 1; JEAN-MARC RIVIER / ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 225; UELI MANser, in : mwst.com : Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Kompetenzzentrum MWST der Treuhand-Kammer [éd.], Bâle/Genève/Munich 2000, ch. 27 ad art. 37 aLTVA). L'entrée en vigueur de l'aLTVA n'a pas modifié, à cet égard, le régime en vigueur sous l'OTVA (voir spécifiquement sous l'OTVA, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 4.3.3 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 3.4).

2.2 Il faut réserver le cas où l'auteur de la facture constate ultérieurement que la TVA facturée au destinataire est trop élevée ou trop faible (voire inexistante) et la corrige. Ni l'OTVA ni l'aLTVA ne contiennent une norme spécifique concernant la correction de factures. Selon la pratique administrative, une facture erronée peut être corrigée à certaines conditions, qui dépendent de la situation, comme on le verra ci-après (consid. 2.2.1 et 2.2.2). Dans tous les cas cependant, une correction ne peut intervenir qu'à mesure que la prescription n'est pas encore acquise.
2.2.1 Une correction de la facture par le fournisseur est possible sans autre restriction, tant que celle-ci n'est pas encore acquittée. Dans ce contexte, tout défaut peut en principe être corrigé (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.2.1; Instructions 2001 et 2008 sur la TVA, ch. 807 et explications ad formulaire 1550; Instructions 1997 sur la TVA, ch. 779a).
2.2.2 Si la facture du fournisseur a déjà été acquittée, la correction ou le complément ultérieurs de la facture ne sont envisageables qu'à certaines conditions limitatives :
2.2.2.1 Une correction ultérieure est d'abord possible au moyen du formulaire 1310, respectivement 1550, intitulé "Attestation du prestataire au destinataire de sa prestation dans le but de permettre ultérieurement la déduction de l'impôt préalable en cas de facture/note de crédit formellement insuffisante". Tel est uniquement le cas lorsque le numéro TVA du fournisseur manque sur la facture, que la date, la période, le genre, l'objet ou le volume de la prestation n'y est pas indiqué de manière complète, ou encore lorsque le taux d'impôt fait défaut. Si ces défauts sont corrigés par le biais du formulaire précité, le destinataire peut alors déduire l'impôt préalable (ATF 131 II 185 consid. 3.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.2.2.1; décision de la CRC du 25 mars 2002 in: JAAC 66.97 consid. 4d/bb; PASCAL MOLLARD, La TVA: vers une théorie du chaos ? Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 65 s.). La publication de cette pratique est intervenue uniquement lors de celle des Instructions 2008 (ch. 807); depuis 2003, le formulaire 1550 est accessible sur internet avec les explications correspondantes (cf. également Praxisforum MWST, Revue fiscale [RF] 2003 p. 557 s.). Cette pratique relative au formulaire 1310/1550 a été confirmée par la jurisprudence (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3; arrêt du Tribunal fédéral 2A.406/2002 du 31 mars 2003 consid. 4.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1562/2006 du 26 septembre 2008 consid. 2.6.2, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 3.2, A-1476/2006 du 26 avril 2007 consid. 4.2.2). Comme son intitulé l'indique, le formulaire 1550 consiste en une attestation du fournisseur. Ce dernier doit confirmer, par sa signature, qu'il a bien déclaré les sommes figurant dans les factures correspondantes et donner certaines informations à ce sujet (cf. formulaire 1550).

La possibilité de faire usage du formulaire 1310/1550 pour corriger ultérieurement la facture n'est toutefois pas ouverte s'il manque le nom du fournisseur ou du destinataire, ce que la jurisprudence a confirmé (cf. Instructions 2008, ch. 807, Explications ad formulaire 1550; ATF 131 II 185 consid. 3.3; entre autres : arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.2.2.1, A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 4.2, A-1562/2006 du 26 septembre 2008 consid. 2.6.2). Cette faculté n'est pas non plus à disposition lorsque la TVA facturée est excessive ou insuffisante.
2.2.2.2 Si la TVA facturée s'avère trop élevée ou trop faible (erreur de calcul, application d'un taux d'impôt erroné, fausse base d'imposition), si elle a été facturée à tort, ou si elle n'a pas du tout été facturée (alors qu'elle aurait dû l'être), ce qui est le cas de figure envisagé dans le considérant introductif (consid. 2.2 in initio, ci-avant), la correction n'intervient donc pas au moyen du formulaire 1310/1550. Elle doit être entreprise par le fournisseur, auquel il incombe d'émettre une nouvelle facture ou une note de crédit conformes aux exigences formelles et qui fassent référence à la pièce justificative initiale. Le fournisseur est tenu de comptabiliser la pièce justificative supplémentaire et de la remettre au destinataire de la prestation. Ce dernier doit procéder à la correction de l'impôt préalable (Instructions 2001, ch. 808 et ses modifications in : Communication concernant la pratique "Correction de la TVA facturée - Modification du chiffre marginal 808 des Instructions 2001 sur la TVA" du 30 janvier 2004; cf. également Instructions 2008, ch. 808 et la pratique quelque peu modifiée; confirmation de ladite pratique in: arrêt du Tribunal fédéral 2A.320/2002 et 2A.326/2002 du 2 juin 2003 consid. 5.4.1, du 31 mai 2002 in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 72 p. 732 consid. 5b, c).

3.
Cela dit, il y a lieu de se demander quelle incidence a l'entrée en vigueur de l'art. 45a aOLTVA sur le principe "TVA facturée, TVA due", déjà décrit plus haut (consid. 2.1).

3.1 L'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aOLTVA, RO 2000 1347) a été modifiée le 24 mai 2006 (RO 2006 2353) par l'introduction de deux dispositions, à savoir les art. 15a et 45a aOLTVA. Bien que celles-ci soient entrées en vigueur le 1er juillet 2006, l'AFC a fait savoir qu'elle les appliquerait non seulement pour l'avenir, mais également de manière rétroactive, pour toutes les contestations pendantes au 1er juillet 2006 (cf. Traitement des vices de forme, Introduction, en ligne sur le site internet de l'AFC www.estv.admin.ch/documentation/publications/taxe sur la valeur ajoutée/LTVA jusqu'à 2009/communications concernant la pratique/publiées en 2006). La jurisprudence a entériné cette application rétroactive aux cas pendants, soit aussi bien à ceux soumis à l'aLTVA que ceux encore régis par l'OTVA (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_356/2008 du 21 novembre 2008 consid. 5.7, 2C_614/2007 du 17 mars 2007 consid. 3.5 et 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 4; cf. également, ATF 133 II 153 consid. 7.4 [laissant ouverte la question de la légalité de l'art. 45a aOLTVA]; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 6, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.3.2). L'entrée en vigueur, le 1er janvier 2010, de la LTVA n'a aucun impact sur l'application de l'art. 45a aOLTVA, cette disposition demeurant pertinente pour les procédures relatives à l'ancien droit, pendantes au 1er janvier 2010 (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 6.1, A-5876/2008 du 24 mars 2010 consid. 4.2.2 et les réf. cit.).

3.2 De manière générale, l'art. 45a aOLTVA dispose qu'un vice de forme n'entraîne pas à lui seul de reprise d'impôt, s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou cette même ordonnance, sur l'établissement de justificatifs. Les vices formels affectant une facture peuvent ainsi être corrigés par le biais de l'art. 45a aOLTVA, dans la mesure où les conditions prescrites par cette disposition sont réunies, à savoir l'absence de préjudice financier subi par l'Etat, sans que le recours au formulaire 1310/1550 soit nécessaire.

Les formes prescrites par les normes législatives et/ou par la pratique administrative doivent ainsi être appliquées sans formalisme outrancier, mais avec pragmatisme. Cela étant, il n'est pas concevable de prétendre que l'art. 45a aOLTVA puisse primer, voire effacer, les termes de la loi elle-même. Il convient de garder à l'esprit que l'art. 45a aOLTVA concerne uniquement les vices de forme. Il ne protège aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation des conditions matérielles (cf. ATAF 2007/25 consid. 6.1, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 6.2, A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 3.3, A-1505/2006 du 25 septembre 2008 consid. 3.2.2).

3.3 Savoir ce qui constitue un vice matériel ou un vice formel revêt une importance cruciale pour l'application de cette disposition. Le Tribunal administratif fédéral a admis la pertinence de l'art. 45a aOLTVA dans le cas de vices formels affectant des éléments non-essentiels de la facture, comme l'absence du numéro de contribuable du fournisseur (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 3.4, 4.2.2) ou en cas d'absence du taux de l'impôt (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 5.2.3; dans un sens contraire : arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1643/2006 du 19 août 2008 consid. 3.1). En revanche, il est acquis que l'existence-même d'une facture (ou d'une pièce justificative équivalente) constitue une condition matérielle, dans le contexte du droit à la déduction de l'impôt préalable. Si ce document fait défaut, le vice ne peut pas être corrigé au moyen des art. 15a ou 45a aOLTVA (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.3.3, A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 3.3, A-7522/2006 du 15 décembre 2009 consid. 2.5.1). Il apparaît également évident que l'art. 45a aOLTVA n'entame pas le principe déjà décrit plus haut (consid. 2.1) "TVA facturée, TVA due", en ce sens que la facturation de la TVA, même injustifiée, ne constitue en rien un vice formel, qui serait susceptible d'être réparé par le biais de l'art. 45a aOLTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1536 et A-1537/2006 du 16 juin 2008 consid. 2.5.1, A-6245/2007 du 13 février 2008 consid. 3.4, A-1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 3.2 et 4.2).

4.
En l'espèce, il s'agit d'examiner si la TVA facturée à tort par la recourante, dans le cadre des demandes d'acomptes déjà énumérées plus haut (consid. 1.2. ci-avant), est due ou non à l'AFC.

4.1 Il appert que les demandes d'acomptes dont il s'agit, qui entrent dans la notion de facture au sens de la TVA (cf. consid. 2.1 ci-avant), mentionnent distinctement la TVA et que celle-ci a été acquittée, en même temps que le montant de base. Le principe "TVA facturée, TVA due" trouve donc en principe application (consid. 2.1 ci-avant), à moins d'une correction opérée en bonne et due forme dans les délais prescrits (consid. 4.2 ci-après) ou d'une norme qui rendrait cette correction superflue (consid. 4.3 ci-après).
4.2
4.2.1 La recourante a effectué une correction de la TVA facturée à tort, dont elle déduit que l'impôt re-crédité aux destinataires ne serait pas dû à l'AFC. Dès 2002, en effet, elle a adressé aux sociétés faillies concernées des notes de crédit globales, portant à la fois sur le montant initialement facturé et sur la TVA correspondante (cf. pièces n° 12 et n° 13 du dossier de l'AFC). Simultanément, elle a émis à l'attention desdites sociétés de nouvelles factures globales, censées remplacer les précédentes et ne comportant plus de TVA (cf. pièces n° 12 et n° 13 du dossier de l'AFC; rapport de révision du 7 décembre 2006, sous pièce n° 1 du dossier de l'AFC, "Justification du contrôle"; lettre de la recourante à l'AFC du 7 mars 2007 sous pièce n° 4 du dossier de l'AFC). Elle se trouve dès lors dans le cas de figure visé au considérant 2.2.2.2 ci-avant, à savoir une correction de la TVA facturée et déjà acquittée. S'agissant des conditions posées à dite correction, il n'est pas contesté ici que les notes de crédit ou les nouvelles factures soient conformes aux exigences formelles et la référence aux factures initiales ne paraît pas problématique.
4.2.2 Il en va différemment, en revanche, de la nécessité d'adresser ces documents correctifs aux destinataires des factures initiales, comme l'AFC l'a exigé dans le cadre de sa pratique (consid. 2.2.2.2 ci-avant). Or, dans les cas litigieux, les destinataires en question avaient disparu, au moment où ces pièces ont été établies à leur attention. En effet, dans le premier cas (4 demandes d'acomptes; cf. consid. 1.2 ci-avant), la faillite de Y._______ SA a été prononcée le 5 août 1994 et clôturée formellement par ordonnance du Président du Tribunal civil de *** du 31 décembre 2001 (pièces classées sous n° 12 du dossier de l'AFC). Dite société a consécutivement été radiée du registre du commerce, le 21 février 2002. Les deux notes de crédit, respectivement la nouvelle facture, du 26 novembre 2002, sont dès lors intervenues bien après la clôture de la faillite et même après la radiation de la société faillie. Pareillement, la faillite de Z._______ SA (dernière raison sociale : *** SA) a été prononcée le 5 août 1994 par le Président du Tribunal civil de *** (cf. jugement sous pièce n° 13 du dossier de l'AFC) et clôturée le 18 janvier 2002, par une ordonnance de cette même instance (cf. pièce n° 13 du dossier de l'AFC). La société a été radiée du registre du commerce le 21 février 2002. Les deux notes de crédit, respectivement la nouvelle facture, adressées à cette société le 6 février 2003 (cf. consid. 1.2 ci-avant), l'ont donc été à une personne morale qui n'existait plus.
4.2.3 L'inexistence des sociétés précitées au moment déterminant ne peut guère être remise en question. On se souviendra en effet que, suite à la dissolution de la société anonyme, liée à l'ouverture de la faillite (art. 736 ch. 3 CO), celle-ci entre en liquidation et que, durant cette procédure, la société en liquidation conserve sa personnalité (art. 739 al. 1 CO). La société perd donc sa personnalité juridique au terme de la liquidation. Ainsi, l'inscription de la radiation au registre du commerce n'a qu'une valeur déclarative. La radiation n'intervient, en principe, que lorsque la société a déjà cessé d'exister. Elle disparaît dès le moment où la liquidation est effectivement terminée et où elle ne dispose plus d'actifs. En tous cas, il apparaît qu'au moment où la société est radiée, elle ne dispose plus de la personnalité juridique (cf. CHRISTOPH STÄUBLI in : Obligationenrecht II [Basler Kommentar], Honsell/Vogt/Watter [éd.], 3ème éd., Zurich 2008, ch. 6 ad art. 746 CO et les réf. citées; FRANÇOIS RAYROUX, in : Code des obligations II, Commentaire [Commentaire romand], Tercier/Amstutz [éd.], Bâle 2008, p. 1339 ch. 6 ad art. 746 CO; PASCAL MONTAVON, Abrégé de droit commercial, Lausanne 2008, p. 470 in fine).
4.2.4 Il est par ailleurs indubitable que les sociétés destinataires dont il s'agit n'avaient pas été réinscrites au moment où la recourante a émis les notes de crédit, respectivement les nouvelles factures litigieuses, ni ne l'ont été à un autre moment, étant rappelé qu'une réinscription aurait été concevable dans certaines circonstances (cf. ATF 110 II 396 consid. 2, 100 Ib 37, 78 I 451, 64 I 334; STÄUBLI, op. cit., ch. 6 ad art. 746 CO; RAYROUX, op. cit., ch. 7 ad art. 746; MONTAVON, op. cit., p. 470 s.; NICOLAS JEANDIN in : Poursuite et faillite, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Dallèves/Foëx/Jeandin [éd.], Bâle/Genève/Munich 2005, p. 1243 ch. 19 ad art. 268).
4.2.5 Il n'est ainsi guère concevable que des notes de crédit, respectivement de nouvelles factures, puissent être notifiées valablement à des personnes morales inexistantes. Il faut ajouter à cela qu'une personne morale inexistante ne peut ni agir ni être représentée par qui que ce soit, ce qui rend vain l'argument tiré des pouvoirs d'administratrice spéciale de la recourante, dans la mesure où le mandat a pris fin au terme de la procédure de faillite. Le fait que les documents rectificatifs ont été émis à l'adresse de la recourante elle-même, en sa qualité susdite, ne fait donc pas en sorte qu'ils lui aient été correctement adressés. Au contraire, il paraît évident qu'une notification ne pouvait plus intervenir, puisque les sociétés faillies en question avaient été radiées depuis bien longtemps du registre du commerce.
4.2.6 Quant à savoir si l'exigence posée par l'AFC va trop loin, la réponse ne nécessite guère de longs développements. Dans le domaine de la facturation, il ne saurait être question de procéder à des corrections internes, au niveau du fournisseur, qui ne soient pas portées à la connaissance du destinataire, unique moyen par lequel celui-ci peut les accepter ou les refuser. Seul un document remis au destinataire est dès lors approprié (cf. ATF 131 II 185 consid. 8.2 [validité des annotations manuscrites figurant sur des factures]; arrêt du Tribunal fédéral 2A.25/2005 du 17 janvier 2006 consid. 4.2 [validité d'un registre interne tenu par l'assujetti]; cf. également, arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1599/2006 du 10 mars 2008 consid. 3.1 in fine). Cette condition tombe sous le sens et a d'ailleurs été reprise comme une évidence dans le nouveau droit, entré en vigueur le 1er janvier 2010 (voir à cet égard l'art. 27 al. 2 LTVA et le consid. 4.3.2 ci-après). Par voie de conséquence, à partir du moment où ce destinataire n'existe plus et où aucune personne ne lui est substituée, une correction de la facture n'est plus possible. Cette pratique de l'AFC a d'ailleurs été confirmée par le Tribunal fédéral (cf. consid. 2.2.2.2 ci-avant).

Le Tribunal de céans estime donc que l'exigence selon laquelle la nouvelle facture ou la note de crédit doit être adressée au destinataire, ce qui présuppose que ce dernier existe encore, est parfaitement justifiée. Au vu de ce qui précède, la recourante n'a donc pas entrepris une correction en bonne et due forme des factures mentionnant à tort la TVA. Il s'ensuit que la TVA indûment facturée, représentant Fr. 30'612.50 au total (cf. consid. 1.2.2 ci-avant), est effectivement due à l'AFC.
4.2.7 Il est bien entendu possible de se demander dans quelle mesure la recourante était tenue d'adresser ses demandes d'acomptes et ses factures rectificatives aux sociétés faillies et non à l'Etat. En effet, l'indemnité revenant à l'administration ordinaire ou à l'administration spéciale de la faillite est réglée aux art. 44 à 46 de l'ordonnance du 23 septembre 1996 sur les émoluments perçus en application de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite (OEL, RS 281.35). Lorsqu'il s'agit de procédures complexes, dont l'exécution a été confiée à une administration spéciale, il est prévu que l'autorité de surveillance définie par le droit cantonal fixe la rémunération, en tenant notamment compte de la difficulté et de l'importance de l'affaire, du volume de travail fourni et du temps consacré (art. 47 al. 1 OELP). A cet effet, l'administration spéciale doit, avant de procéder à l'établissement du tableau de distribution définitif, soumettre à l'autorité de surveillance une liste détaillée de toutes ses vacations au sujet desquelles l'ordonnance sur les frais ne prévoit pas d'émolument spécial (art. 262 à 264 de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite [LP, RS 281.1]; art. 84 et 97 de l'ordonnance du Tribunal fédéral du 13 juillet 1911 sur l'administration des offices de faillite [OAOF, RS 281.32]; arrêt du Tribunal fédéral 7B.242/2003 du 29 janvier 2004). La perception d'acomptes en cours de procédure est autorisée, en couverture des honoraires déjà engagés, mais l'autorité de surveillance intervient également dans ce contexte, notamment par la faculté dont elle dispose de réduire d'office et en tout temps les émoluments et la rémunération de l'administration spéciale de la faillite.

La nature des décomptes soumis par la recourante à l'Etat et le rôle de l'autorité cantonale de surveillance n'est toutefois pas en cause, dans le cas présent. En effet, il n'est pas possible de faire abstraction du fait que la recourante a adressé ses demandes d'acomptes ainsi que ses documents rectificatifs aux sociétés faillies, qui doivent ainsi en principe être considérées comme les destinataires des prestations facturées. En effet, il existe une présomption selon laquelle le destinataire de la facture est également le destinataire des opérations fournies (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107 et a-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.1 et 8.2.1, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.1; MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 194 p. 221). La recourante elle-même affirme que les sociétés faillies concernées sont bien les destinataires des prestations fournies et ne prétend dès lors pas invalider la présomption susmentionnée (cf. recours, p. 4 let. a).
4.3
4.3.1 Certes, la recourante fait valoir que la TVA facturée aux sociétés faillies déjà citées n'a pas été déduite par ces dernières, de sorte que la Confédération n'aurait subi aucun préjudice financier (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 7 mars 2007, p. 2, sous pièce n° 4 du dossier de l'AFC). En cela, elle fait référence à l'art. 45a aOLTVA (voir le recours, p. 5), qui ne peut cependant clairement trouver application dans ce cas de figure (cf. consid. 3.1 ci-avant). En effet, l'on n'est pas en présence d'un simple vice de forme, dont la disposition précitée tendrait à atténuer les conséquences sur le plan d'éventuelles reprises d'impôt. In casu, l'impôt a été facturé et même acquitté, ce qui ne s'apparente nullement à une prescription formelle qui aurait été éludée sans qu'il n'en résulte un quelconque préjudice financier pour l'Etat. Par surabondance de motifs, la recourante ne prouve nullement la véracité de ses affirmations.
4.3.2 Certes encore, la situation apparaîtrait éventuellement sous un jour distinct si l'art. 27 al. 2 LTVA, entré en vigueur le 1er janvier 2010, trouvait application. Cette nouvelle disposition prescrit en effet que celui qui fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionne un taux ou un montant d'impôt trop élevé est redevable de cet impôt, sauf s'il remplit l'une des conditions suivantes : (let. a) il corrige sa facture, ce qui est possible dans les limites admises par le droit commercial, par un document qui mentionne et annule la facture d'origine et dont la réception doit être attestée par le destinataire, ou (let. b) il prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier, ce qui est le cas notamment lorsque le destinataire de la facture n'a pas déduit l'impôt préalable ou que l'impôt préalable déduit a été remboursé. Le nouveau droit ouvre donc deux possibilités d'échapper aux conséquences d'une TVA facturée à tort, à savoir la correction de la facture ou la preuve de l'absence de tout préjudice financier pour la Confédération. Il doit être noté à cet égard que les conditions ne sont pas aussi restrictives que celles qui étaient naguère prévues dans le cadre de l'art. 45a aOLTVA, en ce sens que les prescriptions de fond comme celles de forme sont mises sur un pied d'égalité. En d'autres termes, il pourrait en principe être possible, même en cas de violation d'une prescription de fond, telle que la facturation indue d'une TVA, de ne pas payer celle-ci, en prouvant que la Confédération n'a pas subi de préjudice financier de ce fait. Cela étant, l'art. 27 al. 2 LTVA constitue, à l'évidence, une prescription matérielle qui ne s'applique pas à titre rétroactif à des situations régies par l'ancien droit (cf. consid. 1.3.1 ci-avant).

Il n'est pas non plus possible de considérer que l'aOTVA et/ou l'aLTVA comportaient une lacune au sens propre à cet égard, qu'il s'agirait de combler par le biais d'une application analogique de l'art. 27 al. 2 LTVA (cf. sur la notion de lacune au sens propre ou impropre, ATF 125 V 8 consid. 3; ATF 103 Ia 501 consid. 7; JAAC 68.104 consid. 5.3; JAAC 61.79 consid. 3; ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, p. 95 et 127). L'arrêt du Tribunal fédéral 2C_285/2008 du 29 août 2008 (cf. consid. 4), qui fait référence au nouveau droit alors même que la cause était régie par l'aLTVA, ne permet pas d'inférer le contraire. Certes, l'art. 27 al. 2 LTVA y est évoqué, mais quoi qu'il en soit les conditions d'application de cette disposition n'étaient pas remplies dans l'affaire en question.

4.4 Il y a enfin lieu de se pencher sur les arguments de la recourante, dans la mesure où ils sont pertinents, le Tribunal de céans n'ayant pas l'obligation de discuter tous les moyens de droit allégués (cf. ATF 129 I 232 consid. 3.2, ATF 126 I 97 consid. 2b, 121 I 57 consid. 2b; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1534/2006 du 19 mai 2007 consid. 5.3).
4.4.1 Selon la recourante, les honoraires de l'administration spéciale de la faillite ne seraient "définitivement connus qu'au moment de l'approbation de ceux-ci par l'autorité de surveillance". A ce stade, la liquidation de la masse en faillite ne serait pas encore terminée, puisqu'il s'agirait de procéder encore au paiement du dividende, à l'établissement des actes de défaut de biens et aux différentes publications. En sus, l'administration spéciale devrait informer le juge que la liquidation de la masse est terminée et communiquer la décision du juge au registre du commerce, aux fins de la radiation de la société faillie. Ce n'est qu'à ce moment-là que l'administration spéciale connaîtrait tous les frais occasionnés et pourrait établir les notes d'honoraires qui s'imposent (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 31 juillet 2007, p. 2 s., sous pièce n° 6 du dossier de l'AFC). Cela étant, les éléments qui précèdent n'ont pas empêché la recourante d'adresser aux sociétés faillies des demandes d'acomptes, valant indiscutablement factures, qui lui ont d'ailleurs été réglées en totalité en temps et en heure. A cela s'ajoute que, comme déjà dit (cf. consid. 4.3 ci-avant), la loi fait obligation à la recourante d'adresser à l'autorité cantonale de surveillance le décompte de toutes ses vacations, avant de procéder à l'établissement du tableau de distribution définitif, le cas échéant en estimant celles liées aux opérations ultérieures.

Contrairement à ce que prétend la recourante, ses frais ne demeurent donc pas une inconnue jusqu'à la fin des réquisitions consécutives à la décision de clôture de la liquidation. D'ailleurs, le Tribunal ne cerne guère à quelle conclusion la recourante entend aboutir. En effet, elle n'en déduit pas pour autant qu'elle devrait nécessairement attendre la disparition des sociétés faillies pour leur facturer ses honoraires, respectivement qu'il serait encore possible de corriger de précédentes factures une fois les sociétés en cause disparues.
4.4.2 La recourante estime, par ailleurs, qu'en cas de découverte de biens après la radiation de la société faillie, ces biens doivent être réalisés, sans qu'il soit nécessaire dans tous les cas que la société en cause soit réinscrite (cf. recours, p. 4). On peut certes abonder dans son sens à la lecture de l'art. 269 LP, qui ne prévoit pas de réinscription de la société, tout en constatant que cet argument ne change rien au fait qu'à défaut de réinscription au registre du commerce, la société faillie n'existe plus dès le moment où elle en a été radiée. Les modalités suivant lesquelles des biens découverts ultérieurement pourraient être réalisés et le produit en être réparti entre ses créanciers n'ont aucun impact sur son existence, élément décisif pour que la facture puisse encore être corrigée (cf. consid. 4.2.6).
4.4.3 Enfin, la recourante ne fait plus valoir, comme initialement (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 12 février 2007, p. 3), que l'administration l'aurait induite en erreur, en lui donnant des renseignements erronés sur le traitement fiscal des prestations d'administration spéciale de la faillite, au début de l'année 1995, argument écarté en première instance (cf. courrier de l'autorité inférieure à la recourante du 3 avril 2007, p. 1 sous pièce n° 5 du dossier de l'AFC). Elle ne se prévaut dès lors plus du principe de la bonne foi (art. 9 Cst.) et il ne se justifie pas de relever ce moyen d'office, d'autant que les conditions auxquelles la bonne foi pourrait être protégée (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1107 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 10.1 et les réf. citées) ne sont, à l'évidence, pas réalisées ici.

4.5 C'est dès lors à bon droit que l'AFC a réclamé à la recourante Fr. 30'612.50 de TVA, représentant la somme de l'impôt qu'elle a facturée dans le cadre des demandes d'acomptes énumérées au consid. 1.2.2 ci-avant. Le recours s'avère intégralement mal fondé et doit être rejeté.

5.
Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure par Fr. 3'000.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants, à savoir Fr. 3'000.- dans le cas d'espèce. S'agissant des dépens, il n'y a pas lieu d'en allouer à la recourante (cf. art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario), qui succombe et n'est pas représentée.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 3'000.-, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 3000.-.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)

Le président du collège : La greffière :

Pascal Mollard Marie-Chantal May Canellas

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
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