Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:

1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen eine Verfügung des VBS. Das Bun­desverwaltungsgericht beurteilt gemäss Art. 31 des Ver­waltungs­gerichts­gesetzes vom 17. Juni 2005 (VGG, SR 173.32) Beschwer­den gegen Verfügungen nach Art. 5 VwVG. Gemäss Art. 5 Abs. 1 Bst. c VwVG gilt auch das Nichteintreten auf Begehren um Feststellung von Rech­ten und Pflichten als Verfügung. Da hier zudem keine Ausnahme nach Art. 32 VGG vorliegt und mit dem VBS eine Vorinstanz im Sinne von Art. 33 Bst. d VGG verfügt hat, ist das Bundesverwal­tungsgericht zur Beur­teilung der Beschwerde zuständig.

1.2. Das Verfahren richtet sich nach dem VwVG, soweit das VGG nichts an­deres bestimmt (Art. 37 VGG).

1.3. Zur Beschwerde ist nach Art. 48 Abs. 1 VwVG berechtigt, wer vor der Vor­instanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teil­nahme erhalten hat, durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Ände­rung hat. Die Beschwerdeführenden nahmen am vorinstanzlichen Verfah­ren teil; dies gilt auch für die fünf in Bst. D des Sachverhalts genannten Personen, die am 3. Juni 2010 dem Verfahren beigetreten sind und die in der vor­instanzlichen Ver­fügung vom 23. November 2010 nicht genannt werden. Als Adressaten der Verfügung sind sie von ihr be­rührt und ha­ben ein schutz­würdiges Interesse an der Aufhebung der Nichteintretens­verfügung, damit ihr Anspruch materiell über­prüft wird. Die Be­schwer­de­füh­ren­den sind somit zur Beschwerde berech­tigt.

1.4. Zum Streitgegenstand ist Folgendes festzuhalten: Zu beurteilen ist vor­liegend nicht die ma­terielle Frage der Widerrechtlichkeit, sondern nur, ob die Vorinstanz zu Recht nicht auf das Feststellungsbegehren eingetreten ist (vgl. Markus Müller, Rechtsschutz ge­gen Verwaltungsrealakte, in: Pierre Tschannen (Hrsg.), Neue Bundesrechts­pflege, Berner Tage für die juristische Praxis 2006, Bern 2007, S. 313 ff., 359 f.). Es ist somit hier nicht von Bedeutung, ob die Beschwerdeführenden den Zeit­raum von 2006-2009 oder von 2006-2010 beurteilt haben möchten. So­weit die Beschwer­deführenden die materielle Beurteilung der Angelegen­heit durch die Rechtsmittelbehörde beantragen, ist auf ihre Beschwerde nicht einzutre­ten.

1.5. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde (vgl. Art. 50 und Art. 52 VwVG) ist - vorbehältlich der Ausführungen in Erwägung 1.4 - einzutreten.

2.
Das Bundesverwaltungsgericht überprüft die angefochtene Verfügung mit vol­ler Kognition (Art. 49 VwVG).

3.
Bevor darauf eingegangen werden kann, ob die Vorinstanz zu Recht nicht auf die Beschwerde eingetreten ist, werden im Folgenden zunächst die recht­lichen Rahmenbedingungen des Flugplatzes Meiringen dargelegt.

3.1. Beim Flugplatz Meiringen handelt es sich um eine militärische Anla­ge. Für die Errichtung oder Änderung der Anlage oder die Änderung des mi­li­tärischen Zwecks ist ein Plangenehmigungsverfahren nach Art. 126 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Armee und die Militärverwal­tung vom 3. Februar 1995 (Militärgesetz, MG; SR 510.10) durchzuführen. Weiter unter­liegt der Militärflugplatz der Sachplanpflicht (Art. 126 Abs. 4 MG und Art. 14 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 [RPV, SR 700.1]) und ist unter anderem bei wesentlichen Betriebsänderungen der UVP-Pflicht un­terstellt, wo­bei das massgebende Verfahren das Plangeneh­migungsver­fahren ist (Art. 2 Abs. 1 Bst. a und Art. 5 sowie Anhang Ziff. 50.3 der Ver­ordnung über die Umweltverträglichkeitsprüfung vom 19. Ok­tober 1988 [UVPV, SR 814.011]).

3.2. Der Militärflugplatz Meiringen verfügt über ein vom Bundesrat am 28. Fe­bruar 2001 genehmigtes Objektblatt Sachplan Militär, das ge­stützt auf den Lärmbelastungskataster (LBK) vom 17. Oktober 1997 (LBK 1997) fest­ge­setzt wurde. Weiter verfügt der Flugplatz offenbar über ein Be­triebs­reg­le­ment (vgl. UVB Militärflugplatz Meiringen vom August 2007, S. 16). Weil der Betrieb des Militärflugplatzes Meiringen gemäss LBK 1997 zu über­mäs­sigen Lärmimmissionen führte, leitete die Luftwaffe ein Sa­nie­rungs­ver­fahren im Hinblick auf die Gewährung von Erleichterungen nach Art. 14 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV, SR 814.41) ein. Da sich jedoch die Flugbewegungen wesentlich anders ent­wickel­ten als angenommen, hob das VBS die Sanierungsverfügung (samt Ge­wäh­rung von Erleichterungen) vom 20. November 2000 auf und ord­nete am 11. März 2002 an, die Luftwaffe habe auch unter Berücksichti­gung der durch die Armeereform XXI bedingten Änderungen einen neuen LBK ein­zu­reichen.

3.3. Mit der Einführung der Armee XXI und der Reduktion der Anzahl Militär­flugplätze wurde eine Neuverteilung der Militärluftfahrzeuge auf die ver­bleibenden Flugplätze nötig. Der Bundesrat genehmigte am 1. Juni 2005 das entsprechende Stationierungskonzept 2005. Dieses sieht wie be­reits erwähnt unter an­derem vor, dass die Fliegerstaffel 11 mit F/A-18 Kampf­flugzeugen auf den 1. Januar 2006 von Dübendorf nach Meiringen ver­legt wird.

3.4. Als Folge des neuen Stationierungskonzepts sollte der Sachplan Militär angepasst werden. Die neuen Lärmberechnungen flossen in den Entwurf des Objektblatts ein. Eine öffentliche Mitwirkung erfolgte 2007. Ange­sichts erheblicher Vorbehalte in der Öffentlichkeit und weil der Entscheid zur Beschaffung eines Teilersatzes für die Kampfflugzeuge des Typs Tiger F-5 ausstand, und damit die künftige Belegung des Flugplatzes Meiringen un­klar war, konnte der geänderte Sachplan und auch das Objektblatt Flug­platz Meiringen noch nicht dem Bundesrat zur Genehmigung unterbrei­tet werden.

3.5. Die Beurteilung der Umweltauswirkungen bei Änderungen einer beste­hen­den, UVB-pflichtigen Anlage erfolgt unter anderem nach den Grund­sätzen des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Ok­to­ber 1983 (USG, SR 814.01) und der LSV; so bestimmt namentlich Art. 18 Abs. 1 USG, dass eine sanierungsbedürftige Anlage nur umgebaut oder er­weitert werden darf, wenn sie gleichzeitig saniert wird. Die Neustationie­rung auf dem Militärflugplatz Meirin­gen wurde vom VBS als wesentliche Änderung einer bestehenden Anlage im Sinn von Art. 2 Abs. 1 UVPV qua­li­fiziert. Diese Betriebsänderung sei UVP-pflichtig und in einem militäri­schen Plangenehmigungsverfahren zu bewilligen (UVB S. 5 und 11). Im Hin­blick darauf wurde in Zusammenar­beit mit dem BAFU der UVB 2007 aus­gearbeitet. Eine Plangenehmigung der durch das Stationierungs­kon­zept 2005 er­folgten Betriebsänderung respektive die zugrunde lie­gende Sach­planänderung ist offenbar noch nicht erfolgt; der Flugbetrieb auf dem Flug­platz Meiringen wird jedoch bereits gestützt auf das Kon­zept 2005 be­trieben. Das VBS stellt sich hierbei auf folgenden Standpunkt: Sobald Klar­heit über die künftige Nutzung des Flugplatzes Meiringen herrscht, soll der UVB überarbeitet werden und die Luftwaffe ein neu­es Gesuch um Ge­währung von Erleichterungen stellen. Nach Ansicht des VBS läuft damit nach wie vor ein Lärmsanierungsverfahren, das bis spätes­tens Ende Juli 2020 abgeschlossen sein muss (vgl. Art. 17 Abs. 6 Bst. a LSV).

3.6. Vom 22. August 2011 bis zum 21. Oktober 2011 findet die öffentliche Mit­wirkung zum neuen Objektblatt des Sachplans statt. Das VBS rechnet da­mit, dass das Plangenehmigungsverfahren frühestens im Verlauf der zwei­ten Hälfte des Jahres 2012 eingeleitet werden kann.

4.
Die Beschwerdeführenden beantragten die Feststellung der Widerrechtlich­keit des Flugbetriebs. Fraglich ist, ob die Vorinstanz zu Recht nicht auf die­ses Begehren nach Art. 25a VwVG eingetre­ten ist: Wer ein schutzwürdi­ges Interesse hat, kann nach dieser Bestim­mung - sofern sich eine Hand­lung auf öffentliches Recht des Bundes stützt und Rechte und Pflich­ten berührt - von der zuständigen Behörde ver­langen, dass sie wi­der­rechtliche Handlungen unterlässt, einstellt oder wi­der­ruft (Abs. 1 Bst. a), die Folgen widerrechtlicher Handlungen beseitigt (Abs. 1 Bst. b) oder die Widerrechtlichkeit von Handlungen feststellt (Abs. 1 Bst. c). Vorlie­gend geht es allein um eine Feststellung der Widerrechtlichkeit gemäss Art. 25a Abs. 1 Bst. c VwVG; die Beschwerdeführenden stellen keine Anträ­ge gemäss Art. 25a Abs. 1 Bst. a oder b VwVG, namentlich beantragen  sie nicht, den Flugbetrieb einzustellen.

4.1. Der Begriff der "Handlung" respektive des "Realakts" im Sinn von Art. 25a VwVG wird weit verstanden. Er umfasst eine Vielzahl von Erschei­nungsformen des tatsächlichen Verwaltungshandelns, denen gemein­sam ist, dass keine formelle Verfügung erlassen wurde (vgl. Marian­ne Tschopp-Christen, Rechtsschutz gegenüber Realakten des Bundes [Ar­tikel 25a VwVG], Diss. Zürich, Zürich/Basel/Genf 2009, S. 22 ff.; Isa­bel­le Häner, in: Bernhard Waldmann/Phi­lip­pe Weissen­ber­ger [Hrsg.], Pra­xis­kom­men­tar zum Bundesgesetz über das Verwaltungs­verfahren, Zü­rich/Ba­sel/Genf 2009, Art. 25a Rz. 6 ff.; Beatrice Weber-Dürler, in: Chris­toph Auer/Markus Müller/Ben­jamin Schindler [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Ver­waltungsverfahren [VwVG], Zürich/St. Gal­len 2008, Art. 25a Rz. 6 ff.; Müller, a.a.O., S. 317 f.). Die Vorinstanz geht richtigerweise davon aus, dass es sich bei den Flugbewegun­gen um verfügungsfreie Real­ak­te handelt.

4.2. Weiter ist zu Recht unumstritten, dass sich die Flugbewegungen auf öf­fentliches Recht des Bundes stützen (vgl. Art. 57 f. der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 [BV, SR 101] und dass es sich beim VBS um die zuständige Behörde für die Beurtei­lung von Handlungen der Luftwaffe handelt.

4.3. Zur Tragweite des Tatbestandselements, dass Rechte und Pflichten be­rührt sein müssen, gibt es in der Lehre unterschiedliche Ansichten. Die­se stimmen aber dahingehend überein, dass sie dieses Tatbestandselement jedenfalls als erfüllt ansehen, so­weit grundrechtlich geschützte Posi­tionen berührt sind (vgl. Tschopp-Chris­ten, a.a.O., S. 109 ff.; Häner, a.a.O., Art. 25a Rz. 19; Weber-Dürler, a.a.O., Art. 25a VwVG Rz. 19 ff.; Mül­ler, a.a.O., S. 350 ff.). Vorliegend legt die Vorinstanz überzeugend dar, dass die Flugbewegungen die Gesundheit und Integrität einer Person ge­fähr­den könnten, weshalb mit Art. 10 Abs. 2 BV ein Grundrecht tangiert und die­se Voraussetzung erfüllt ist.

4.4. Näher einzugehen ist auf die strittige Frage, ob ein schutzwürdiges In­teresse an einer Feststellungsverfügung besteht.

4.4.1. Das "schutzwürdige Interesse" im Sinn von Art. 25a VwVG ist grund­sätzlich gleich zu verstehen wie in den anderen Artikeln des VwVG, na­mentlich wie in Art. 48 Abs. 1 Bst. c VwVG. Verlangt ist somit ein Son­der­nach­teil sowie ein Inter­esse rechtlicher oder tatsächlicher Natur, das ak­tuell und praktisch sein muss (vgl. Tschopp-Chris­ten, a.a.O., S. 125, 128 f.; Häner, a.a.O., Art. 25a Rz. 34; Weber-Dürler, a.a.O., Art. 25a VwVG Rz. 27 ff.; Müller, a.a.O., S. 347 f.). Zu berücksichtigen ist dabei, dass sich bei Begeh­ren um Fest­stellung der Wi­der­recht­lich­keit von Handlun­gen gemäss Art. 25a Abs. 1 Bst. c VwVG Eigenheiten bezüglich der Ak­tualität und der praktischen Be­deutung des In­ter­esses ergeben können, weil diese Begehren im Unter­schied zu Art. 25a Abs. 1 Bst. a und b VwVG nicht auf eine Än­derung der künftigen Ver­hältnisse hinwirken (vgl. Tschopp-Chris­ten, a.a.O., S. 126 f., 129 ff.; Häner, a.a.O., Art. 25a Rz. 34; Weber-Dürler, a.a.O., Art. 25a VwVG Rz. 27 ff.). Fer­ner ist zu be­achten, dass das Begehren um eine Verfügung über Real­akte subsidiär ist, also nur dann von einem schutzwürdigen Inter­esse aus­zugehen ist, wenn kein anderes Rechtsmittel zur Verfügung steht, respek­tive wenn es un­zumutbar wäre, bis zum Erlass einer anfecht­baren Ver­fügung zuzuwarten (Urteil des Bundesgerichts vom 22. April 2010 8C_699/2009 E. 4.3; Tschopp-Chris­ten, a.a.O., S. 131 ff.; We­ber-Dür­ler, a.a.O., Art. 25a VwVG Rz. 31).

4.4.2. Die Vorinstanz geht davon aus, dass es am schutzwürdigen Interes­se der Beschwerdeführenden fehle. In ihrer Argumentation unterschei­det sie hierbei zwischen Flugbewegungen, die in direktem Zusammenhang zum Flugplatz stehen und solchen, die im gesamten Trainingsraum in einer Höhe von 3000 Meter über Meer statt­finden:

Bezüglich der direkt im Zusammenhang mit dem Flugplatz stehenden Flug­bewegungen fehle es an einem schutzwürdigen Interesse, weil das lau­fende Lärmsanierungsverfahren für den Flugplatz eine öffentliche Aufla­ge des Erleichterungsgesuchs beinhalte und es durch eine anfechtbare Ver­fügung abgeschlossen werde. Es sei deshalb nach wie vor möglich, im Verlauf des Verfahrens Einsprache zu erheben und die abschliessenden Verfügungen anzufechten. Es bestehe somit kein Raum für subsidiäre Rechts­behelfe nach Art. 25a VwVG.

Hingegen seien die Flugbewegungen im gesamten Trainingsraum nicht Ge­genstand des Lärmsanierungsverfahrens und das Rechtsbegehren nach Art. 25a VwVG stehe grundsätzlich offen. Voraus­gesetzt sei aber eine Betroffenheit von genügender Intensität. Daran fehle es vorliegend, da die fliegerischen Aktivitäten grundsätzlich auf über 3000 Metern über Meer statt­fänden, also in erheblicher Distanz zu den Ge­suchstellern, und die Lärm­belastung aus dem Flugplatzbetrieb objektiv gesehen mit Sicher­heit grös­ser sei. Aufgrund des Lärmbelastungskatas­ters vom 17. Ok­to­ber 1997 sowie der Neuberechnung der Lärmbelastung für die Mit­wir­kung zum Sachplan Militär von 2007 ergebe sich, dass die Lärmbelas­tung deut­lich unterhalb von 55 dB(A) liege. Diese Werte erreich­ten nicht ein­mal den Immissionsgrenzwert der Empfindlichkeitsstufe I nach An­hang 8 LSV; die Lärmimmissionen aus der Nutzung des Trainings­raums dürf­ten noch erheblich geringer ausfallen, weshalb nicht von einer ge­nü­gen­den In­tensität der Betroffenheit gesprochen werden könne. Be­tref­fend die Schad­stoffimmissionen könne davon ausgegangen wer­den, dass der Ein­fluss des Flugplatzes einen grösseren Teil zur lokalen und re­gio­nalen Be­las­tung beitrage als die Aktivitäten im Trainingsraum. Auf­grund der gros­sen Distanz würden sich diese kaum auswirken. Aus dem Um­welt­ver­träg­lich­keitsbericht gehe hervor, dass die Emissionen aus dem Be­trieb des Flug­platzes nicht zu Überschreitungen der massgebenden Grenz­wer­te ge­mäss der Luftreinhalte-Verordnung vom 16. De­zem­ber 1985 (LRV, SR 814.318.142.1) führten. Somit sei auch bezüglich die­ses Punk­tes keine ge­nügende Intensität der Betroffenheit und infolgedessen kein schutz­wür­di­ges Interesse ersichtlich.

4.4.3. Die Beschwerdeführenden bringen zum schutzwürdigen Interesse vor, die Auslegung von Art. 25a VwVG durch die Vorinstanz sei nicht richtig. Insbeson­dere sei sich die Doktrin darin einig, dass sich die Frage der Sub­sidiarität im Falle des Art. 25a VwVG nicht stelle, da dieser eine andere Zielrichtung als Art. 5 VwVG habe. Zudem gehe es hier nicht um künfti­ge Flugbe­we­gungen, welche vom Sanierungsverfahren betroffen seien, son­dern um Flug­bewegungen von 2006-2010; das Argument, die Beschwer­deführenden könnten sich am laufenden Verfahren beteiligen, grei­fe deshalb nicht. Zur von der Vorinstanz vorgebrachten mangelnden In­tensität der Flugbewe­gungen im Trainingsraum Meiringen sei zu bemer­ken, dass gemäss Art. 25a VwVG eine minimale Eingriffswirkung genüge und keine besondere Betroffenheit verlangt werde.

4.4.4. Im Folgenden ist darauf einzugehen, ob im vorliegenden Fall ein schutz­würdiges Interesse gegeben ist.

Die Ausführungen der Vorinstanz zum fehlenden Sondernachteil hinsichtlich der Flugbewegungen im Trainingsraum überzeugen nicht: Soweit es um Beschwerden gegen Fluglärm geht, ist generell an­erkannt, dass ein sehr weiter Kreis von Betroffenen zur Beschwerde le­gi­timiert sein kann, ohne dass bereits eine Popularbeschwerde vorliegt (Ur­teile des Bundesver­waltungsgerichts A-6536/2010 vom 23. August 2011 E. 2; A-1899/2006 vom 11. Februar 2010 E. 2.3; A-1936/ 2006 vom 10. Dezember 2009 E. 3.1; A-1985/2006 vom 14. Februar 2008 E. 2.1). Kein ausschlaggeben­des Abgrenzungskriter­ium stellt die Über­schrei­tung von Lärmgrenzwerten dar (vgl. BGE 110 Ib 99 E. 1c und 124 II 293 E. 3b). Vorliegend ist davon aus­zugehen, dass grosse Teile der An­woh­ner, darunter auch die Beschwer­deführenden, die Flugbewegungen, selbst wenn diese in einer gros­sen Höhe stattfinden, akus­tisch wahrnehmen können so­wie durch die Schad­stoffe mehr belastet wer­den als Personen, die in grös­serer Entfernung vom Trai­nings­raum leben. Dies gilt umso mehr für die vom Flugplatz aus­gehen­den Flugbewegun­gen, weshalb bezüglich bei­der Aspekte ein Son­dernachteil vor­liegt.

Ein rechtliches oder tatsächliches Interesse an einer die Widerrecht­lich­keit feststellenden Verfügung kann zum einen in einer "moralischen Kom­pen­sation" oder allenfalls in einer Präventivwirkung bestehen (Mül­ler, a.a.O., S. 359). Vorliegend ist den Beschwer­de­führenden jedenfalls ein In­teresse bezüglich der Flugzeugbewegungen im Luftraum zuzugestehen. Mit ihrem Begehren können sie erreichen, dass diese überprüft werden. Auch wenn sie grundsätzlich lediglich die Überprüfung eines in der Ver­gangenheit liegenden Zeitraums verlangen, so ist dies den­noch auch für die Zukunft von Bedeutung, da präventiv eine Änderung bewirkt werden könnte. Weil die Flugbe­wegungen im Trainingsraum bis anhin nicht in ei­nem lau­fenden Verfah­ren beurteilt werden, stellt sich die Frage der Sub­si­diarität nicht, und es besteht ein schutzwürdiges Interesse an der Überprü­fung der Rechtmässigkeit der Flugbewegungen im Trainingsraum.

Die Situation bezüglich des direkt mit dem Flugplatz verbundenen Flugbe­triebs stellt sich demgegenüber anders dar. Seit mehreren Jahren ist ein Verfah­ren im Gang, in dem überprüft wird, in welchem Rahmen der Flug­be­trieb aufrecht erhalten wer­den soll, und das mit einer anfechtbaren Ver­fügung abgeschlossen werden wird. Zwar dauert dieses Verfahren schon re­lativ lange an, da die zu­ständigen Behörden zunächst wichtige po­li­ti­sche Ent­scheide abwarteten. Offen­sichtlich ist ihnen aber bewusst, dass der Betrieb auf die Vereinbarkeit mit dem gel­ten­den Recht zu überprüfen und zunächst ein neues Objektblatt als Grund­la­ge zu schaffen ist, bevor die weite­ren Verfahrensschritte eingeleitet werden. Mit einer Feststellungsverfügung über den bisheri­gen Betrieb kann so­mit weder erreicht werden, dass ein Ver­fahren an­ge­stossen wird, noch ist ein Interesse an einer "mora­lischen Kom­pensation" ersichtlich, da die er­forderlichen Schritte zur Klä­rung der Rechts­lage bereits eingeleitet wor­den waren, als die Beschwer­de­füh­ren­den ihre Beschwerde erhoben. Weil die Be­schwer­de­führen­den sodann kei­ne Begehren mit unmittelbaren prak­tischen Folgen (wie bei­spiels­weise ein Begehren um die Einstellung des Flug­betriebs) stellen, ist es ihnen zudem zumutbar, das Er­ge­hen einer anfecht­baren Verfügung abzuwarten. Es be­steht somit kein schutz­wür­diges In­ter­esse an einer Feststellungsverfügung über die Rechts­kon­for­mität des Flug­platzbetriebs.

4.4.5. Zusammenfassend kann somit festgehalten werden, dass ein schutz­würdiges Interesse an der Überprüfung der Flugbewegungen im Trai­ningsraum besteht, nicht aber an der Überprüfung des Flugplatzbetriebs.

4.5. Die Vorinstanz ist somit zu Unrecht nicht auf das Feststellungsbegehren eingetreten, soweit der Betrieb im Trainingsraum betroffen ist. Bezüglich des Flugplatzbetriebs ist sie zu Recht nicht darauf eingetreten. Die Be­schwer­de ist daher - soweit darauf einzutreten ist (vgl. Er­wä­gung 1.4) - teil­weise gutzuheissen und die Sache zur materiellen Beur­tei­lung an die Vor­instanz zurückzuweisen.